Στην επιλογή του Ζόραν Μιλίνκοβιτς κατέληξε η Ανόρθωση, μιας και ο πρώην ποδοσφαιριστής της ομάδας επιστρέφει στο Αντώνης Παπαδόπουλος, αυτή τη φορά μετά από 15 χρόνια, αυτή τη φορά με τη φόρμα του προπονητή, με την ελπίδα και την προσδοκία να γνωρίσει επιτυχίες παρόμοιες με αυτές που έζησε ως ποδοσφαιριστής.
Ξεκίνησε την προπονητική του καριέρα από την FKBSK Borca, τότε ομάδα στην Β’ κατηγορία της Σερβίας, την ποδοσφαιρική περίοδο 2005-06 και έμεινε εκεί μέχρι το τέλος της περιόδου 2007-08 διεκδικώντας την άνοδο στους μεγάλους, την οποία και απώλεσε στο θεσμό των playoff.
Την επόμενη περίοδο τη σπατάλησε στην FK Kolubara Lazarevac, πάλι της Β΄ Σερβίας, δίχως να πετύχει κάτι αξιοσημείωτο. Ντεμπούτο στα σαλόνια της Σερβίας έκανε ως προπονητής της νεοφώτιστης FK Spartak Subotica την οποία οδήγησε σε ευρωπαϊκή έξοδο. Ως εκ τούτου κέρδισε το βραβείο του κορυφαίου προπονητή στη Σερβία. Τον Ιανουάριο του 2010 βρέθηκε κοντά στην ανάληψη της τεχνικής ηγεσία του Άρη Λεμεσού αλλά από την μια οι υποχρεώσεις του με την Subotica και από την άλλη η διαφορά στο οικονομικό, οδήγησαν σε ναυάγιο.
Τα επιτυχή αποτελέσματα του ανάγκασαν τους ανθρώπους της Vojvodina να του εμπιστευτούν το πηδάλιο της ομάδας τους, έτσι ο Ζόραν την περίοδο 2010-11 ήταν στο πάγκο της Vojvodina, με την οποία τερμάτισε τρίτος στο πρωτάθλημα.
Aπό την Vojvodina έφυγε τον Μάη, για να επιστρέψει στους πάγκους τον Φλεβάρη του 2012 με τα χρώματα της πρώην του ομάδας της Spartak Subotica, το τέλος της χρονιάς τον βρήκε στην 7η θέση. Στη Spartak Subotica έμεινε και τέσσερα παιχνίδια της επόμενης περιόδου, προτού αναλάβει την OFK Βελιγραδίου η οποία ταλανιζόταν από οικονομικά προβλήματα.
Με τους μπλε του Βελιγραδίου, τερμάτισε 7ος, ωστόσο για δεύτερη φορά ανακηρύχθηκε κορυφαίος προπονητής του πρωταθλήματος. Στα συν του μπορεί να υπολογιστεί και το γεγονός πως πούλησε αρκετούς ποδοσφαιριστές με αποτέλεσμα να ανασάνει οικονομικά η ομάδα.
Η επόμενη χρονιά 2013-14, τη ξεκινάει με την ομάδα του Βελιγραδίου για να τη συνεχίσει στον Άρη Θεσαλλονίκης, ωστόσο στους κίτρινους δεν θα κάτσει για πολύ καθώς 102 μέρες μετά θα απολυθεί.
Δεν θα μείνει για πολύ στο ταμείο ανεργίας, αφού στις 18 Ιανουαρίου 2014 θα υπογράψει στην FK Vozdovac, με την οποία στο τέλος της χρονιάς θα τερματίσει 7ος και θα παραμείνει και την επόμενη χρονιά στο τιμόνι της, μέχρι τις 25 του Μάρτη του 2015 οπότε και θα ανακοινωθεί από την αγαπημένη του Παρτιζάν.
Με τους ασπρόμαυρους του Βελιγραδίου, θα πανηγυρίσει τον τίτλο στο τέλος της χρονιάς κάτι που θα του δώσει το διαβατήριο για να συνεχίσει. Στα προκριματικά του Champions League θα αποκλείσει δύο πρώην γνώριμες μας. Ο λόγος για την Ντίλα Γκόρι στο δεύτερο προκριματικό και την Στεάουα στο τρίτο προκριματικό, ωστόσο θα γνωρίσει τον αποκλεισμό στα play-off του Champions League από την Μπάτε Μπορίσοφ.
Ο αποκλεισμός από τους ομίλους και το κακό ξεκίνημα στο πρωτάθλημα, πέντε ήττες τρεις ισοπαλίες θα φέρουν όχι την απόλυση του αλλά τον υποβιβασμό του. Καθώς θα συνεχίζεται να πληρώνεται από την Παρτιζάν για να εκτελεί χρέη σκάουτερ, με ρόλο προπονητή να αναλαμβάνει ο Τρούλοβιτς.
